Program Studi Doktor (S3) Aqidah dan Filsafat Islam Fakultas Ushuluddin dan Studi Islam Universitas Islam Negeri Sumatera Utara adalah Program Studi yang awal berdirinya dimulai dengan nama Program Studi Doktor (S3) Agama dan Filsafat Islam yang berdiri pada tahun 2007 melalui SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.I/423/2007 pada tanggal 1 November 2007 Tentang izin penyelenggaraan program Pascasarjana IAIN-SU yang ditanda tangani oleh Jendral Direktur pendidikan Tinggi Islam oleh Prof. Dr. Abdurrahman Mas’ud, MA, sehingga pihak IAIN Sumatera Utara waktu khususnya Fakultas Ushuluddin diberi kewenangan membuka Program Doktor (S3) Agama dan Filsafat Islam untuk berdiri. Tempat perlaksanaan pendidikan pertama sekali beralamat di Jl. Pembangunan Komplek Pondok Surya Kec. Medan Helvetia Keurahan Helvetia Timur. Pada tahun 2017 sesuai SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 4891 Tahun 2017 tentang Penyesuaian Nomenklatur Program Studi pada Universitas Islam Negeri Sumatera Utara nama Program Studi sebelumnya Agama dan Filsafat Islam berubah menjadi Program Studi Doktor (S3) Aqidah dan Filsafat Islam sampai sekarang.